原子荧光仪使用中常见的故障可能缘于仪器硬件方面、系统软件方而，也可能来自于分析操作本身。一些硬件故障建议由厂家专业维修人员予以解决。对于一些常见故障可参照下列方法诊断及排除。
(1)通信失败开机后无法正常进入操作软件，软件提示通信失败。
可能原因：
①主机电源未打开；
②荧光仪与计算机之间的通信电缆接触不良，或通信电缆故障；
③未按正确顺序开机；
④工作站与计算机硬件或操作系统不匹配；
⑤荧光仪硬件损坏。
排除方法：
①打开主机电源；
②检查通信接口是否正确、通信电缆是否正常连接、插头接触是否良好；
③关机使复位，按正确顺序重新开机；
④重新安装或升级操作系统，重新安装工作站；
⑤检查仪器主板电源及其它部件是否正常。
(2)仪器未能正确识别元素空心阴极灯或识别错误
可能原因：
①空心阴极灯未装好装紧，或灯故障；
②带电拔插空心阴极灯时损坏了仪器电路。
排除方法：
①重新安装空心阴极灯，或更换有故障的元素灯；
②检查、维修或更换主机电路板。
(3)开始测量或测量过程中仪器停止运行并提示无载气
可能原因：
①气体保护开关不灵敏，或控制电路故障；
②气源压力不足。
排除方法：
①将气体保护开关插头用短路子短路，若故障现象消失，则说明气压开关内的弹簧压力太大，可将气体保护开关上部的顶丝适当拧松，如果故障照旧，则可能是控制电路故障，检查、更换仪器主板；
②调节气体压力开关，或更换气瓶、检查外部气源。
(4)测量过程中仪器停止运行，软件提示串口错识或溢出
可能原因：
①工作站与计算机操作系统冲突；
②仪器硬件故障或空心阴极灯引起的干扰；
③试样待测元素含量过高，超过仪器工作范围，仪器停止运行并提示溢出。
排除方法：
①升级或重新安装操作系统，重装工作站；
②维修硬件或更换可能产生干扰的空心阴极灯；
③稀释试样溶液再进样检测。
(5)开机后或测量过程中自动进样器不能复位
可能原因：
①连接电缆接触不良或出现故障；
②自动进样器部件卡住或机械故障。
排除方法：
①检查、更换连接电缆；
②去除障碍物或维修自动进样器。
(6)测量时没有荧光信号
可能原因：
①空心阴极灯故障；
②进样系统工作不正常；
③氢化物反应条件不正确；
④未形成氩氢火焰；
⑤仪器硬件故障。
排除方法：
①更换相应元素空心阴极灯；
②检查进样系统是否堵漏、泵管是否松动、载气和屏蔽气是否正常，观察有无氩氢火焰；
③正确地反应生成氢化物或蒸气；
④还原剂是否现配以及还原剂浓度、酸度不够，产生的氢气量太少，电点火炉丝位置与石英炉芯的出口相距远；
⑤检查、维修仪器主板、检测器等。
(7)测量信号值偏低或异常
可能原因：
①空心阴极灯灵敏度下降；
②光路未调节好；
③进样系统问题；
④氢化物反应条件不正确。
排除方法：
①更换空心阴极灯；
②按仪器使用手册正确调节光路；
③检查进样系统，包括泵管压力是否正常、泵管是否变形老化；
④检查载流、还原剂的浓度等。
(8)测量信号不稳定，精密度差
可能原因：
①空心阴极灯稳定性不好或产生漂移；
②气路系统出现泄漏或局部堵塞；
③氩氢火焰受外界干扰；
④进样系统故障；
⑤氢化反应过于激烈，部分反应液随载气进入原子化器中；
⑥进样系统受到高含量待测元素的污染；
⑦电路噪声大。
排除方法：
①对元素空心阴极灯预热足够时间(对汞灯可大电流预热)，或更换元素灯；
②检查气路及次级压力；
③减少抽排气系统或照明系统对火焰的影响；
④检查进样系统，检查泵运转的润滑、泵管压力、进样管的畅通以及是否老化变形等；
⑤试液中滴加适量的消泡剂；
⑥清洗进样系统、石英炉芯等，更换泵管、气液分离器等；
⑦在不安装空心阴极灯情况下检测，观察荧光信号值是否稳定。
(9)测量准确度差
可能原因：
①样品前处理不当，前处理不完全有损失、污染、干扰等；
②标准校正溶液系列的问题，配制不正确、保存不当导致浓度降低、受污染、线性范围过宽等；
③待测试样溶液浓度超过校正曲线范围，或处于拟合后的校正曲线极端；
④由于长时间工作，元素灯产生漂移，空白荧光值和校正曲线发生改变；
⑤测量稳定性差。
排除方法：
①选择合适的前处理方法，选用高纯度的试剂、检查试剂空白、屏蔽杂质元素干扰等；
②重配标准校正溶液系列，同时应考虑与样品溶液介质的一致性；
③合适的称样量或稀释倍数，确保在校正曲线线性范围内，尽量使试样浓度处于拟合的校正曲线中部；
④重新建立标准校正曲线；
⑤按（8）处理。
