水体污染按其来源区分，可分为天然污染和人为污染。
1．天然污染
天然污染是先天性的，是指自然界自行向水体中排放有害物质或造成有害影响的行为。如岩石和矿物的风化和水解、火山喷发、水流冲蚀地表、大气降尘的降水淋洗、绿色植物等在地球化学循环中释放的天然污染物质。例如，在含在萤石、氟磷灰石等矿区，可造成地下水含有较多的矿物质，并导致高氟水、高硬度水、苦咸水等不宜饮用的水；由于潮汐海水倒灌而使近海河道的水变咸；由于树叶飘落及动物尸体掉落水塘而使塘水腐败发臭等。
2．人为污染
人为污染是由于人为的因素引起的水质污染，它又可以分为直接污染和间接污染。直接污染是由于向水源中排放有毒有害物质引起的，例如日本的水俣病（汞中毒）是震惊世界的水污染事件。水俣湾在1925年时建有一家氮肥厂，该工厂生产氮肥，有害工业废水未经环保处理就直接排放到水误湾中，使水俣湾的海水受到严重的污染。经过取水样化验发现，水俣湾海水中含有罕见的有害化学物质汞。随着工业废水排入水俣湾的汞，在微生物的作用下转化为剧毒的甲基汞，并迅速在小鱼和贝类的体内富集起来。然后大鱼吃小鱼，甲基汞又在大鱼体内高度聚集。海鸟、猫和渔民吃了富含甲基汞的海鱼后自然也就中毒而产生奇怪的症状。
间接污染也是人为因素引起的，只是因果关系不是那么直接和明显，因而不能很快被人们发现，往往有较长的“潜伏期”，待到人们发现时，已造成相当大的危害，并无法在短期内克服和解决。最明显的例证是：人类砍伐森林，从而使水土流失，致使河水变浑浊。远古时代的黄河流域山清水秀，森林茂密，气候宜人。由于森林植被遭人类破坏，河水常年冲刷黄土高原并带走大量黄土，致使今天的黄河水中含有大量的泥沙，河水变成黄色。
人为水体污染的原因是多方面的，按污染源分，又可分为工业废水污染、城市污水污染、农业回流水污染、固体废物污染及其他污染等方面。
(1)工业废水污染水在工业上主要用于洗涤产品、冷却设备、产生蒸汽、输送废物和稀释生产原料等方面，几乎没有一种工业能够离开水。而且工业用水量非常大，占人类整个用水量的80％左右。大量的工业用水，必然产生大量的废水，工业废水排放量约占总废水量的2/3左右。2010年全国废水排放总量617.3亿立方米，比上年增加4.7%。其中，工业废水排放量237.5亿立方米，比上年增加1.3%。城镇生活污水排放量379.8亿立方米，比上年增加6.9%。废水中化学需氧量（COD）排放量1238.1万立方米，比上年减少3.1%。废水中氨氮排放量120.3万立方米，比上年减少1.9%。工业用水重复利用率85.7%，比上年提高0.7%。
工业废水的特点是种类繁多，成分复杂。常见的工业废水主要有以下几种。
①造纸废水。造纸工业使用木材、稻草、芦苇、破布等为原料，经高温高压蒸煮而分离出纤维素，制成纸浆。造纸工业废水是一种水量大、色度高、悬浮物含量大、有机物浓度高、成分复杂的难处理有机废水。在自制浆和抄纸两个环节中排出废水呈黑褐色，称为黑水。黑水中含有大量纤维、无机盐和色素，污染物浓度很高。洗涤漂白过程中产生的水为中段水，这种水含有较高浓度的木质素、纤维素和树脂酸盐等较难生物降解的成分，且颜色较深。抄纸机排出的废水称为白水，它的里面含有大量纤维和在生产过程中添加的填料和胶料。造纸过程中，有机化学品用作添加剂或助剂，并不全保留在纸幅中，流失到废水中的部分对排水水质有一定的影响，导致排水的COD等指标升高。据统计，2003年造纸业在全国各工业行业中废水排放量居第一位，占全国工业废水统计排放量的16.8%。造纸废水危害很大，其中黑水所含的污染物占到了造纸工业污染排放总量的90％以上，由于黑水碱性大、颜色深、臭味重、泡沫多，并大量消耗水中溶解氧，严重地污染水源，给环境和人类健康带来危害。而中段水对环境污染最严重的是漂白过程中产生的含氯废水，例如氯化漂白废水、次氯酸盐漂白废水等。此外，漂白废液中含有毒性极强的致癌物质二噁英，也对生态环境和人体健康造成了严重威胁。
②印染废水。印染废水的水质复杂，污染物按来源可分为两类：一类是来自纤维原料本身的夹带物；另一类是加工过程中所用的浆料、油剂、染料、化学助剂等。其特点是水量大、有机污染物含量高、色度深、碱性和pH值变化大、水质变化剧烈。因化纤织物的发展和印染后整理技术的进步，使PVA浆料、新型助剂等难以生化降解的有机物大量进入印染废水中，增加了处理难度。据统计，2003年纺织印染业在全国各工业行业中的废水排放量居第5位，其废水排放量占全国工业废水统计排放量的7.5%。2003年纺织行业废水排放总量为14.13亿吨，其中印染废水约为11.3亿吨（占纺织印染业废水的80％)，约占全国工业废水排放量的6%。印染废水含大量的有机污染物，排入水体将消耗溶解氧，破坏生态平衡，危及鱼类和其他水生生物的生存。沉于水底的有机物，会因厌氧分解而产生硫化氢等有害气体，使环境恶化。
③医药工业废水。医药废水指制造抗生素、抗血清及有机无机医药等工厂排出的废水。
抗菌素、抗血清等生产废水，除含有以动物器官为主的动物性废水和以草药为主的植物性废水外，一般均含有氟、氰、苯酚、甲酚及汞化合物等有毒物质，同时含有大量的BOD、COD（母液可达数万毫克每升）及胶体物质。医药工业废水年排放2亿一3亿吨，化学需氧量约15万吨，平均处理率＜30%。对于生产抗菌素的医药废水，废水中有很多难生化降解的物质，可在相当长的时间内存留于环境中。特别是对人类健康危害极大的“三致”（致癌、致畸、整突变）有机污染物，即使在水体中浓度低于10-9数量级时仍会严重危害的人类健康。
④高浓度有机废水。高浓度有机废水的化学需氧量6000-20000mg/L，生化需氧量3000~10000mg/L。主要污染来源是食品酿造业、制糖、制革及屠宰肉联厂等。高浓度有机废水按其性质来源可分为：易于生物降解的高浓度有机废水，有机物可以降解，但含有害物质的废水；难生物降解的有机废水和有害的高浓度有机废水。高浓度有机废水的特点是有机物浓度高、成分复杂、色度高、有异味、具有强酸强碱性，不易生物降解有机废水中所含的有机污染物结构复杂，废水中大多数的BODS/COD极低，生化性差，且对微生物有毒性，难以用一般的生化方法处理。高浓度有机废水的危害主要表现在：a.需氧性危害。由于生物降解作用，高浓度有机废水会使受纳水体缺氧甚至厌氧，多数水生物将死亡，从而产生恶臭，恶化水质和环境。b．感观性污染。高浓度有机废水不但使水体失去使用价值，更严重影响到水体附近居民的正常生活。c．致毒性危害。高浓度有机废水中含有大量有毒有机物，会在水体、土壤等自然环境中不断累积、储存，最后进入人体，从而危害人类健康。
⑤其他一些行业，如水银电解食盐工业废水中含有汞；重金属冶炼工业废水中含有各种重金属；电镀工业废水中含有氰化物和各种重金属；煤焦和石油炼制工业废水中含有酚；农药制造工业废水中含有各种农药等，这些有毒的工业废水，对人体的健康具有很大的危害。
（2）生活污水污染生活污水是指城市机关、学校和居民在日常生活中产生的废水，包括厕所粪尿、洗衣洗澡水、厨房等家庭排水以及商业、医院和游乐场所的排水等，城市每人每日排出的生活污水量为150~400L，其量与生活水平有密切关系（美国500L，日本250L),BOD负荷量为几十克（美国平均54g，日本为36g)。人类生活过程中产生的污水，是水体的主要污染源之一。污水中除含有碳水化合物、蛋白质和氨基酸、动植物脂肪、尿素和氨、肥皂及合成洗涤剂等物质外，还含有细菌、病毒等使人致病的微生物。这种污水会消耗接受水体的溶解氧，也会产生泡沫妨碍空气中的氧气溶于水中，使水体发臭变质。
(3)农业回流水污染农业上最大用水是灌溉，其中60%-90%蒸发损失，其余10％~40％渗入地下或从地表流走。由于耕种、喷洒农药、施肥等工作，使这种灌溉回流水中含有较高浓度的矿物质、富养肥料的有毒农药，造成水体污染。特别是像二氯苯基三氯乙烷（俗称DDT）那样的有机氯农药是造成水污染的最危险的物质之一。这种物质化学稳定性极高，在自然界需要十年以上的时间才能完全分解为无害物质，成为环境长期存在的污染物质，又易溶解于脂肪，能在动物和人体脂肪组织中积累起来造成危害。同时它难溶解于水，借助水的流动而迁移到其他地方，使得许多没有使用过农药的地区，甚至南极也出现DDT。
(4)固体废物污染及其他污染农业废物、工业废物和城市垃圾的数量和种类都非常多，如果转入水体中，也会污染水质，这类污染情况相当复杂。有机物质经水中微生物分解会消耗水中的溶解氧，各种有毒物质使水体具有毒性，从工厂排出的废气，如二氧化硫，一旦随雨水转入水体时，就变成亚硫酸，它又同水中的氧作用，氧化变成硫酸，既消耗水中的溶解氧，又使水具有酸性。特别是各种各样的污染物质同时流进水域，有时可能会相互发生化学作用，从而产生具有更大危险性的物质。例如含无机汞的各种废物排到水体后在水底沉积下来，经微生物分解作用，多数可以转变为会引起水误病的甲基汞。污染途径也是多种多样的，比如垃圾场的垃圾在雨淋和雪融化后可能溶于水，或发生化学作用产生有毒物质，最后漏出场外，流入地势较低的城市，也可能渗入地下污染地下水，危害人类健康。
水体污染按污染物质的类型可分为病原体污染、需氧物质污染、石油污染、有毒化学物质污染、植物营养物质污染、无机物污染、放射性污染。按其本质来说，又可分为物理污染、生物污染和化学污染三类。
①物理污染，是指水中含有的悬浮物及机械杂质，如泥沙之类。例如前述黄河水就是黄土被冲入水中造成的物理污染。
②生物污染，是指水中含有的细菌、藻类、霉菌等以及病毒、热源；各种浮游生物、寄生虫及卵。
③化学污染，是指水中由化学物质导致的水质污染，它又可以分为无机污染和有机污染，前者如水中含有的Hg、Cr、Cd、Pb等重金属和砷化物、氰化物、亚硝酸盐等无机物，
后者如水中含有的农药、除草剂、合成洗涤剂、有机溶剂以及各种各样的有机物。
