酶制剂在果蔬加工中应用范围很广，例如：果蔬中的果胶是植物细胞的间隙物质。果胶具有很高的粘稠度，它的存在给榨汁、过滤和澄清带来困难。使用果胶酶处理，可以大大提高榨汁收得率和果汁澄清效果。
由于果胶酯酶与聚半乳糖醛酸酶的协同作用，使果胶降解，粘度下降，只需较短时间，悬浮物即沉淀而完成澄清过程。同时它可做果浆处理剂，将果浆中的果肉液化变成流质。用果胶酶处理的果汁即使浓缩也不会凝聚成冻，故可制作浓缩果汁。
用于带果肉桔子汁防止白浊，生产柚苷酶的黑曲霉也产生橙皮苷酶，可将引起白色浑浊的、桔肉带来的橙皮苷分子中的鼠李糖与葡萄糖切下，成为水溶性橙皮素。将桔肉置于酶液中保温半小时，可使橙皮苷溶解除去。
用于果汁脱色，花青素酶可切去花青素的葡萄糖苷键引起自发开环而成为无色物质。如用花青素酶处理桃酱、葡萄汁可使之脱色。
用于桔子囊衣的脱除，加工桔子砂囊，一般用酸碱处理脱去囊衣，并排出大量废水。从黑曲霉中筛选出来的内切型聚半乳糖醛酸酶等具有很强的脱囊衣作用。
用于果蔬保藏，瓶装桔汁贮藏时，因光线照射而生成过氧化物，促进氧化，使色泽和风味变坏，若用葡萄糖氧化酶、过氧化氢酶去氧，可保持食品原有色、香、味。用葡萄糖氧化酶也可防止水果冷冻保藏时的发酵变质而达到保鲜效果。
用于分解有害胶体改进超滤效果，用多酚氧化酶或蛋白酶，可使超滤截留物中不含澄清剂，使之可作为纤维源而用于食品加工。
