一、农药
农药是指用于防治危害农牧业生产的有害生物（害虫、害螨、线虫、病原菌、杂草及鼠类等）和调节植物生长的化学药品。最早的农药指的是用于杀害作物寄生虫的化学品，包括天然的和合成的。
我国常用农药按照成分和来源分，有矿物源农药（无机化合物）、生物源农药（天然有机物、抗生素、微生物）及化学合成农药三大类；按照防治对象分，有杀虫剂（Insecticides)、杀螨剂（Acaricides)、杀线虫剂（Nematocides)、杀菌剂(Fungicides)、除草剂（Herbicides)、杀鼠剂、植物生长调节剂、杀软体动物剂等。生物农药相对较少，且比较安全，人们关心更多的是化学农药。
杀虫剂的分类通常有五类：有机磷化合物（OrganophosphorusCompounds)、有机氯化合物（OrganochlorineCompounds)、合成除虫菊酯(Pyrethroids)、氨基甲酸酯(Carbamates）和苯甲酰脲(Benzoylureas)。另外还有有机锡化合物如苯丁锡(Fenbutation）和生长调节剂如灭蝇胺（Cyromazine）等。
从商业角度看，有机磷化合物是最重要的一类，然后是合成除虫菊酯和氨基甲酸酯，有机氯和苯甲酰脲(Benzoylureas）的重要性相对较小。有机氯使用量减少的原因主要是世界范围内对滴滴涕（DDT)、艾氏剂（Aldrin)、狄氏剂（Dieldrin)、异狄氏剂（Endrin)等的禁用，而苯甲酰脲(Benzoylureas）是后来引人的。果蔬中使用农药最多（38.9%），然后是棉花、稻谷和玉米（分别为22.8%、16.1％和9.4%）。稻谷用农药的93％在亚洲，从而使亚洲成为农药的最大消费者。
有机磷杀虫剂（OrganophosphorusInsecticides）最早于1937年在德国的巴伐利亚合成，因为毒性大，所以是二次世界大战时作为化学武器开发的。1944年，发现了杀虫剂对硫磷(Parathion)，虽然其毒性高，由于效果显著，在环境中降解迅速，还是得到了广泛的应用。有机磷农药是我国使用量最大的一类农药，其中敌百虫[O，O-二甲基（2,2,2-三氯-1-羟基乙基）磷酸酯]因用途广泛在农林植保、水产养殖甚至卫生害虫控制上长期大量使用，但这类农药由于毒性较大，对环境的影响及其对农产品与食品的安全性问题也一直令人担忧。
二氯二苯基三氯乙烷（滴滴涕，Dichlorodiphenyltrichloroethane,DDT）是最早的合成农药和有机氯化合物（1939年），随后很快就出现了许多同族化合物如林丹（Lindane,1942年）、艾氏剂（1948年）、狄氏剂（1949年）和异狄氏剂（Endrin,1951年）。该族化合物的特点是对多数昆虫效果好且长和亲脂性。最初这些特点对杀虫剂而言很理想，后来却发现，它们在环境中持久存在，并累积在食物链中。虽然不会致死，但是它们对很多野生物种的授精和繁殖都有直接或间接的影响。因此，自1973年起DDT和有机氯化合物逐渐被禁止在农业和严格限制在人类疾病载体上使用。从20世纪80年代中期开始，世界各国禁止在农业上使用DDT，我国1983年开始禁用DDT。
在所有农药中，除草剂对脊椎动物的毒性最小。由于除草剂作用的机理是与蔬菜的生化过程相互作用，所以对动物没有毒性。使用除草剂的主要问题是一些除草剂可能滤过土层污染地下水。
使用农药的食品和原料销售时，其残留量必须低于法定限值。从法律角度看，残留不仅指农药活性成分本身，也指其中的有毒杂质和代谢及降解产物。水果蔬菜中的农药残留量取决于收获时的沉积量和消失速率。
农药的亲脂性很强，作用的方式取决于它能否穿透植物，因此，施药后触杀形的药物在植物表面的腊层和表皮扩散，传导性的药物则进一步向植物内部渗透。
药物如果透入植物内部，将按不同的酶作用途径降解；如果停留在植物的表面层，则主要根据环境的条件减少，如雨水冲刷、蒸发、水果蔬菜表面水分蒸发时共蒸馏或光降解。这些降解过程产生的残留减少是“真实的”，而在生长阶段由于果实重量的增加使得残留被稀释，其残留量的减少是“表观的”。
一些加工食品如葡萄酒是葡萄汁发酵而成，另有一些加工食品如水果干则需要浓缩脱水制得。如果食品加工过程不能减少残留量，反而进行浓缩等操作，那么终产品可能会比鲜果具有更高的农药残留。
二、兽药
兽药也称兽用药或动物用药，狭义指家畜家禽用药，广义指防治除人类以外所有动物疾病及促进其生长繁育的药品。按照作用可分类为一般疾病防治药，传染病防治药，体内、体外寄生虫病防治药和促生长药等四类。除防治传染病的生化免疫制品（菌苗、疫苗、血清、抗毒素和类毒素等）及畜禽特殊寄生虫病药和促生长药等专用兽药外，均与人药相同，只是剂量、剂型和规格有所区别。按照化学结构可分为磺胺类、阿维菌素类、四环素类、苯并咪唑类、氯霉素类、β一内酰胺类、喹诺酮类、硝基呋喃类、硝基咪唑类、氨基糖苷类、激素类、兴奋剂类和甲状腺抑制剂类等。
抗微生物药物和抗生素包括磺胺类、内酰胺类、四环素类、氨基糖苷类、大环内酯类、喹啉和氟代喹啉等，有选择性地抑制致病微生物的生长，尤其是细菌。促进生长的抗生素在低浓度下对于食品是安全的，因为使用的量与治疗相比相当低。然而，这些药物成分对某些细菌产生抗药性的研究成关注的焦点，导致了在动物饲料中禁止一些特定成分作为生长促长剂使用（如杆菌钛锌，螺旋霉素，泰乐菌素磷酸盐）。此外，人类（和动物）的健康受到抗药性细菌（沙门氏菌等）的威胁，导致了对类似药物（如氧喹诺酮）关注的增加。
近年来发现具有广谱抗菌活性的磺胺类药物在动物体内的残留现象很严重，如果人摄入超过限量的动物性食品，对人体可产生毒害作用，甚至引起超敏反应和造血系统反应。
激素在动物的生长过程中起重要作用，能促进肌肉组织生长。将激素类药物植入动物耳朵根部，能提高动物的新陈代谢，从而使饲料利用率提高并促进动物生长。屠宰时丢掉耳朵，可防止药物残留造成食品污染。
镇静剂和β一兴奋抑制剂常常被非法使用，用于减缓动物在运输或屠宰前的压力，尤其是猪。使用这些成分使肉类产品的品质变差。在一些欧洲国家，这类药物被禁用作饲料添加剂。
兽药残留（VeterinaryDrugResidues）是指给动物使用兽药或饲料添加剂后，药物的原形及其代谢产物蓄积或储存于动物的细胞、组织、器官或可食性产品（如蛋、奶）中，简称兽药残留。人体若长期摄入含兽药残留的动物性食品，会导致药物在体内蓄积，药物达到一定浓度后，就会对人体产生毒性作用，如对肾脏的损害等。
