虽然FTIR仪是比较娇贵的仪器，但只要按照保养要求进行细心的日常维护，就能最大限度延长仪器的使用寿命，否则，仪器的元器件如检测器、分束器受损后，只能更换，不但影响正常工作，而且造成较大的经济损失。因此对FTIR仪的维护保养非常重要。
傅里叶变换红外光谱仪的最主要部分是光学台，光学台由光源、光阑、干涉仪、检测器、各种红外反射镜、氦-氖激光器及相关控制电路板等组成，这些元器件均需在一定温度范围以及干燥环境下保养，特别是干涉仪、检测器的一些材料由溴化钾、碘化铯等晶片组成，极易受潮，因此要确保光学台一直处于干燥状态。目前生产的傅里叶变换红外光谱仪的光学台除样品室外基本上均设计为密闭体系，内部要求放置干燥剂以除湿，因此仪器管理人员应及时更换干燥剂，一般来说2～3周应更换一次，对于南方和沿海地区，更换的频率应更高些，除此之外，FTIR仪器室最好能配备2台除湿机，每天24h轮换开机除湿。
红外光本身有一定能量，开机时，红外光能量能把光学台内潮气驱除。因此，即使无样品检测，每周也至少应开机通电几个小时，以驱除光学台内潮气。但另一方面，由于红外光源、氦-氖激光器等均有一定使用寿命，若无样品测试时，长期开机对它们不利，因此仪器不使用时，最好把仪器电源关闭。
光学台中的各平面红外反射镜及聚焦抛物镜上如附有灰尘，只能用洗耳球将其吹掉(最后请维修工程师处理)，绝不能用有机溶剂清洗，也不许用擦镜纸或擦镜布擦洗，否则会损坏镜面，降低光学性能。
对于近、中、远红外全谱光谱仪，仪器设计时通常在光学台留有两个检测器位置，并可通过计算机自动转换。有些仪器除一个正常使用的分束器位置外，还留有一个存放不用的分束器的位置。如果仪器只有2个检测器和2个分束器，应将它们置于相应的位置，超过2个以上的检测器或分束器，不能置于仪器内部的，应将它们包装好并置于干燥器内，保持干净、干燥。更换分束器时应轻拿轻放，避免碰撞或较大的振动。
对于仪器的一些配件或元器件，如MCT／A检测器、红外显微镜(防尘)等的维护保养，应根据说明书要求进行。
对于一些采用空气轴承干涉仪的红外光谱仪，对推动空气轴承的气体有较高要求(干燥、无尘、无油)，因此空气压缩机应是无油空压机，而且气体要经过干燥处理。
应定期观察样品仓内的密封窗片。正常情况下窗片应完全透明。若出现不透明、有白点等异常现象，则需更换窗片。
从安装调试开始，做好每台红外光谱仪的建档工作，编写仪器档案册，并将相关资料收入档案盒；编写仪器操作说明书(作业指导书)以及维护保养规程，置于仪器旁方便查阅；建立仪器使用登记本，每次开机检测时，都应记录样品名称、样品编号、测试日期、使用时间、环境的温湿度等信息，使用登记本用完后应收入档案盒，同时启用新的使用登记本；改变仪器的测试条件或者更换仪器配件时，应记录其工作状态于仪器档案册，以备将来查对比较；仪器发生故障进行维修时，应将维修情况记录于仪器档案册。
FTIR仪的使用者，一定要经过操作培训并考核合格后才能使用该仪器。如果在使用过程中发现异常现象，应及时向仪器管理员及实验室管理层报告，及时处理或排查。
